重逢拉普拉斯群體
在小智獲得橘子聯盟名譽教練的殊榮並成功進入殿堂後，他帶著勝利的獎盃與小霞、小建一同離開柑橘島。在乘著拉普拉斯航行的途中，眾人驚喜地發現了一群拉普拉斯。小建根據海流與季節推測，這群拉普拉斯極有可能就是當初在澎柑島與小智的拉普拉斯失散的家人。然而，當小智試圖靠近時，拉普拉斯群體卻顯現出強烈的敵意與恐懼，不僅發動水槍攻擊，還利用「白霧」遮蔽視線後逃走，顯得非常排斥人類。
揭發惡劣的寶可夢密獵團
透過大木博士的說明與君莎小姐的證實，小智一行人得知該海域雖然是寶可夢保護區，卻常有惡劣的密獵團使用炸彈非法捕捉寶可夢。這種海賊般的行徑讓拉普拉斯群體對人類產生了極大的不信任感與心理陰影。甚至連火箭隊也出面抱怨，他們的潛水艇同樣遭到了密獵團炸彈的波及。為了讓拉普拉斯群體重拾對人類的信心，小智決心要從密獵團手中守護牠們。
激烈的海上救援戰
密獵團的船隻很快便現身，並指揮大量毒刺水母使用毒針攻擊拉普拉斯群體，企圖將其一網打盡。小建隨即帶著瑪力露前去尋找君莎小姐求援，而小智與小霞則留在現場對抗。小霞派出了蚊香蝌蚪、角金魚與海星星，搭配小智的傑尼龜展開海上反擊。面對密獵團船長不斷投擲的炸彈以及毒刺水母的超音波攻擊，小智與拉普拉斯一度陷入苦戰。就在千鈞一髮之際，原本膽怯的拉普拉斯群體看見小智與同伴奮不顧身保護牠們的樣子，終於深受感召，紛紛鼓起勇氣集體發動反擊，成功壓制了毒刺水母。
感人的離別與回歸
隨著君莎小姐抵達現場，密獵團終於被繩之以法，被脅迫的毒刺水母也重獲自由。最終，小智的拉普拉斯與其母親重逢，兩者感人地相擁。雖然心中充滿萬分不捨，但小智明白拉普拉斯應該回到家人身邊生活。在夕陽下，拉普拉斯向小智一行人作最後的道別，並帶著群體游向遠方的大海。小智看著遠去的背影，回想起旅途中共同經歷的點點滴滴，為這段在橘子群島的海上旅程寫下了最動人的離別篇章。