與寶可夢觀察家翠川的相遇
在集齊了四枚橘子聯盟徽章後，小智一行人正騎乘著拉普拉斯前往柑橘島。途中，他們偶遇了一艘造型獨特的潛水艇，並結識了專門研究鯉魚王的資深寶可夢觀察家——翠川先生。翠川先生正專注地追蹤一群準備前往無人島「丹柑島」的鯉魚王，這群鯉魚王身上都戴著他為了研究而設置的個體識別環。在翠川先生的邀請下，小智、小霞與小建決定一同前往島上，見證這場難得一見的生命壯舉。
鯉魚王逆流而上的挑戰
到達丹柑島後，眾人目睹了壯觀的「鯉魚王躍龍門」景象。翠川先生解釋，這群在海中成長的鯉魚王會集體回到出生地，並挑戰攀登島上的瀑布。翠川先生利用精密儀器分析這群寶可夢的體長、體重與疲勞度等數據，發現約有半數的鯉魚王會在瀑布前受挫，但只要能成功登頂，就有機會迎來進化的時刻。同為觀察家的小建與翠川先生就鯉魚王的回游習性進行了深入討論，對小建而言，這次與前輩的交流獲益匪淺。
火箭隊的干擾與集體進化
一直潛伏在後的火箭隊三人組企圖捕捉大量鯉魚王，並計劃在牠們進化成暴鯉龍後組成一支無敵的軍團。他們利用巨大的鯉魚王機械趁亂抓走了大量鯉魚王與皮卡丘。面對騷亂，翠川先生冷靜地指導眾人如何透過撫摸背鰭來安撫受驚的寶可夢，小智則趁機指揮妙蛙種子救回皮卡丘。就在爭奪戰結束之際，瀑布頂端的鯉魚王群開始發出耀眼的進化之光，在眾人的驚嘆聲中，成群的鯉魚王成功進化成了威猛的暴鯉龍。
觀察家的傳承與新的起點
由於火箭隊企圖在不使用精靈球的情況下強行控制野生的暴鯉龍，憤怒的暴鯉龍群集體發動攻擊，將火箭隊再次擊飛。翠川先生興奮地表示，這次見證到的進化率高達百分之五十，是前所未有的重要紀錄。這次的奇觀與翠川先生對研究的熱情，讓小建深受啟發，也更加堅定了他成為頂尖寶可夢觀察家的夢想。在夕陽下，小智一行人告別了翠川先生，帶著全新的決心繼續前往下一個目的地。