前往柚子島與消失的獎盃
正朝著橘子聯盟前進的小智、小霞與小建，正騎乘著拉普拉斯在海上旅行。在與大木博士的視訊通話中，他們得知在柚子島近海的沉船中，發現了一個三百年前橘子聯盟的榮譽獎盃，目前正展示在當地的博物館中。對橘子聯盟充滿熱情的小智一行人，決定立刻前往博物館一睹為快。
火箭隊的竊盜行動
然而，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵搶先一步。他們在深夜潛入博物館，避開了紅外線警報器，成功竊取了這個價值連城的古老獎盃，企圖將其獻給老大以換取獎金。隔天，小智一行人抵達博物館時，從君莎小姐口中得知獎盃失竊的消息。正當眾人感到遺憾時，正好撞見了帶著獎盃躲在海邊休息的火箭隊。雙方隨即展開一場海上追逐戰，但一場突如其來的濃霧讓火箭隊迷失了方向，並意外發現了一艘漂浮在海上的破舊古船。
陰森的幽靈船冒險
火箭隊躲進這艘看似廢棄的古船，卻被船內陰森的氣氛嚇得魂不附體。緊接著追上來的小智一行人也登上了這艘船。在探索過程中，波克比突然失蹤，小霞心急如焚。為了找回波克比，小建喚出了瑪力露利用聽覺搜尋，小智也派出妙蛙種子協助。當他們來到船艙深處時，發現波克比正平安無事地與兩隻寶可夢——鬼斯和鬼斯通玩耍。起初小智試圖發起戰鬥，但很快發現這些幽靈寶可夢並沒有惡意。
三百年前的忠義傳說
鬼斯通利用超能力操縱喵喵開口說話，向大家揭開了這艘船的秘密。原來在三百年前，這艘船的船長是一位熱愛寶可夢的橘子聯盟冠軍，鬼斯與鬼斯通曾是他的得力夥伴。在一次強烈的暴風雨中，船隻不幸沉沒，船長也隨之逝去。幾世紀以來，這兩隻寶可夢一直守護著船長的冠軍獎盃。最近因為人類將獎盃打撈上岸，牠們才操控沉船重新浮出水面，將屬於船長的榮耀奪回。深受感動的小智明白了獎盃對牠們的意義，決定不再追究。
守護永恆的榮耀
就在此時，火箭隊再次現身試圖強奪獎盃，但鬼斯與鬼斯通展現出強大的實力，配合皮卡丘的電擊，再次將火箭隊擊飛。故事最後，幽靈船在鬼斯與鬼斯通的操控下，再度隱沒於濃霧之中，回到了無人能干擾的深海。小智看著遠去的幽靈船，心中對橘子聯盟的挑戰充滿了更多敬意與鬥志，繼續踏上下一個島嶼的旅程。