與表演船的相遇
小智、小霞與小建在前往下一個港口的途中，遇見了著名的「寶可夢劇團」表演船。這艘船在各地巡迴演出，透過寶可夢的舞蹈與戲劇為觀眾帶來歡樂。小智一行人進入劇場觀賞，看到快拳郎與豪力進行激烈的對決，並為了心愛的皮皮而戰。令他們驚訝的是，舞台上的寶可夢竟然能開口說人話，這讓身為寶可夢觀察家的小建感到非常有研究價值。
凱依與膽小的雷丘
在幕後，小智發現原來寶可夢說話的聲音是由演員現場配音的。劇團團長尚恩發現小智與皮卡丘感情深厚，便請求小智協助團員凱依。凱依擁有一隻雷丘，但這隻雷丘非常膽小，且兩人之間的配合始終不理想。凱依透露，她在第一次遇見雷丘時曾被強烈電擊，這讓她心中留下了陰影，而這種恐懼感傳達給了雷丘，導致雷丘也變得不敢親近人類且個性畏縮。
火箭隊的襲擊與危機
火箭隊的武藏、小次郎與喵喵看中了這群會表演的寶可夢，企圖將牠們全部奪走獻給老大。他們利用鯉魚王魚雷發動攻擊，並潛入船內威脅要炸毀表演船。火箭隊將小智等人綑綁，並企圖帶走所有寶可夢。劇團的寶可夢們為了守護自己的家園，紛紛挺身而出與火箭隊對抗，但在雙彈瓦斯的煙幕攻擊下陷入苦戰。
跨越恐懼的情感羈絆
在混亂中，小智等人在波克比的協助下解開繩索。凱依為了保護受驚的雷丘，在危急時刻克服了對電擊的恐懼，緊緊抱住雷丘給予安慰。這份勇氣激勵了雷丘，使牠發揮出真正的實力。雷丘與皮卡丘聯手，在小建的瑪力露協助下，配合水電組合攻擊重創火箭隊，最後由雷丘使出百萬噸拳擊將火箭隊擊飛，成功守護了表演船。
大成功的謝幕演出
雖然擊退了強敵，但團長尚恩因為吸入過多煙幕導致嗓子失聲，眼看表演即將被迫中止。在雷丘的鼓勵下，凱依決定挺身而出接替主角的位置。小智、小霞與小建也一同協助現場配音，完成了一場別開生面的演出。凱依與雷丘完美的默契贏得了全場觀眾的熱烈喝采。最後，小智一行人與劇團告別，繼續他們在橘子群島的冒險旅程。