意外造訪神祕的禁地——平干島
小智、小霞與小建在橘子群島的海域搭乘拉普拉斯前進，途中討論著波克比遲遲未學會任何招式。突然間，眾人被巨大的海中漩渦捲入，隨後漂流到了一處四周盡是陡峭懸崖的神祕島嶼。根據小建的觀察，這裡就是傳說中被險峻地形與激流守護的禁地「平干島」，也是寶可夢觀察家夢寐以求的聖地。
粉紅寶可夢的驚人發現
在島上，小建驚訝地發現了一隻粉紅色的獨角犀牛，這是任何圖鑑都沒有記錄過的特殊顏色。小智因過於衝動接近而惹怒了獨角犀牛，在危急時刻，眾人突然神祕地脫離了險境，彷彿瞬間移動一般。隨後，當地的君莎小姐現身並告知平干島是世界級遺產，嚴禁外人進入。她解釋島上的寶可夢因為長期食用特產「平干果」，身體才會轉變為粉紅色。皮卡丘因為不小心咬了一口平干果，尾巴和臉頰也短暫變成了粉紅色。
火箭隊的陰謀與尼多王暴走
潛入島上的火箭隊三人組發現粉紅寶可夢後，妄想捕捉牠們並建立「粉紅寶可夢樂園」。他們試圖捕捉一隻粉紅色的尼多朗，卻引來了體型巨大且強悍的粉紅色尼多王。武藏和小次郎派出的阿柏怪、雙彈瓦斯與大舌頭皆不敵尼多王的憤怒，導致尼多王在島上失控暴走。尼多王不僅擊飛了火箭隊，更轉向攻擊小智一行人。
神祕的力量與守護家園的承諾
面對尼多王威力強大的破壞光線，波克比在小霞懷抱中悄悄地晃動手指。雖然小智派出的皮卡丘電擊無效，但在關鍵時刻，尼多王的攻擊似乎被某種力量阻擋。最終，君莎小姐憑藉精湛的技術，在不傷害尼多王的情況下成功將其制伏。事件平息後，小智與大木博士通話，了解到保護這座島嶼生態的重要性。小建代表眾人承諾絕不向外界洩漏平干島的位置，以保護這些珍貴的粉紅寶可夢能繼續過著平靜的生活。儘管大家對波克比是否學會了「揮指」仍存有疑慮，一行人再次踏上了橘子群島的旅程。