到達澎柑島與拯救拉普拉斯
小智、小霞與皮卡丘從內木博士那裡取得GS球後，搭乘飛行船離開。然而，在遭到火箭隊襲擊以及胖丁歌聲的影響下，飛行船失事，眾人隨之漂流到了橘子群島的澎柑島。在島上的海灘，小智一行人發現三名不良少年正在欺負一隻年幼的拉普拉斯。小智為了保護拉普拉斯與對方發生爭執，此時一名神祕少年出現，他以「寶可夢觀察家」的身份冷靜地評估了對方的寶可夢發育狀況，隨後小智讓皮卡丘使出電擊將不良少年趕跑。
寶可夢觀察家小建與橘子聯盟
這位神祕少年名叫小建，他對寶可夢的毛色、神態有著深度的研究。眾人將受傷的拉普拉斯送往寶可夢中心，喬伊小姐表示這隻拉普拉斯因為曾受人類欺負，且與同伴失散，對人類產生了強烈的恐懼與不信任。在島上，小智得知了橘子群島特有的「橘子聯盟」挑戰制度，必須擊敗被稱為「南十字星」的四位強大訓練家才能獲得參賽資格。小智與大木博士聯絡後，決定在運送GS球的旅程中順便挑戰橘子聯盟。小建得知小智與他崇拜的大木博士熟識後，決定加入旅程，以便日後能親自見到博士並展示自己的觀察資料。
火箭隊的捕捉計畫與信任的建立
當晚，胖丁再度現身唱歌讓眾人陷入沉睡。火箭隊趁機開著卡車將拉普拉斯強行載走。小智醒後發現拉普拉斯不見，與小建、小霞一同追趕。小建利用毛球的「雷達眼」成功鎖定火箭隊的行蹤。在追逐過程中，小智奮不顧身地跳上行進中的卡車試圖救出拉普拉斯。面對失控即將衝下懸崖的卡車，小智依然堅守在拉普拉斯身邊，這份守護它的真心終於感動了這隻年幼的寶可夢，拉普拉斯在關鍵時刻使出急凍光線（或冰凍能力）與身體力量，配合皮卡丘救出了小智並平安降落在海面上。
新的旅程起點
經過這場危機，拉普拉斯終於對人類敞開心扉，並主動願意跟隨小智。小智正式收服了拉普拉斯，它將成為眾人在橘子群島間移動的重要夥伴。就這樣，小智與小霞，以及新加入的小建，一同坐在拉普拉斯背上，朝著橘子聯盟的第一個挑戰地——夏干島前進。