石英大會後的慶功宴
在石英高原的寶可夢聯盟賽事結束後，小智與夥伴們回到了家鄉真新鎮。大木博士與小智的媽媽為慶祝小智獲得十六強的佳績，特地舉辦了熱鬧的慶功宴。宴會中，小智、小霞與小剛喚出了各自的寶可夢一同慶祝，包括妙蛙種子、傑尼龜、小拳石、海星星等。雖然小智的噴火龍依舊不聽指揮，甚至噴火燒焦了宴會食物，但氣氛依然十分歡樂。
火箭隊的詭計與噴火龍的逆襲
一直尾隨在後的火箭隊三人組偽裝成路邊攤販，在炒麵與章魚燒中加入大量特製激辛醬料與芥末，趁著大家被辣到狼狽不堪時抓走了皮卡丘。小智先後派出傑尼龜與比比鳥試圖反擊，卻被火箭隊氣球上的強力風扇吹回。最後，小智派出噴火龍，噴火龍起初不願理會，但因不滿武藏等人嘲諷牠是「沒用的寶可夢」而大發雷霆，以強大的火焰將火箭隊打飛，成功救回皮卡丘。
大木博士的委託：神祕的GS球
慶功宴告一段落後，大木博士向小智提出了一個特別的請求。在南方的橘子群島中，有一位名為內木博士的學者在岱岱島發現了一顆無法透過電腦傳送系統傳輸的神祕寶可夢球。由於小茂已經再度出發旅行，大木博士便委託小智前往岱岱島領取這顆球。對常夏之島充滿期待的小剛與小霞也決定同行，小智一行人隨即告別家人，踏上前往橘子群島的旅程。
宿命的再會與大比鳥的進化
在穿越森林的途中，小智一行人遭到了大嘴雀帶領的烈雀群攻擊。小智發現這隻大嘴雀正是他在離開真新鎮冒險的第一天，曾用石頭砸過的烈雀進化而成的。這群烈雀長期欺負當地的波波與比比鳥，導致牠們躲在樹上不敢進食。為了守護同族，小智的比比鳥挺身而出，在與大嘴雀的激烈空戰中進化成了強大的大比鳥，並載著小智配合皮卡丘的十萬伏特徹底擊潰了對手。
領袖的誕生與感傷的約定
戰鬥結束後，大比鳥展現出領袖的風範，受到波波們的愛戴。考慮到落敗的大嘴雀可能還會回來報復，小智決定讓大比鳥留在森林中守護這群同伴。雖然萬分不捨，但小智仍與大比鳥定下約定，表示一旦辦完橘子群島的事情就會馬上回來接牠。在安頓好大比鳥後，小智一行人正式朝著目標岱岱島前進，開始了橘子群島的全新冒險。