意外的遺址發現
小智、小霞與小剛在山中進行自主訓練，為即將到來的神奇寶貝聯盟做準備。在一場激烈的練習對戰中，皮卡丘與六尾的絕招引發了意外爆炸，震出了一座埋藏已久的神祕遺址。隨後，由天才考古學博士希美所帶領的調查團趕到，揭示了這裡曾是高度發達但神祕消失的古代文明「波凱莫尼亞」。希美發現了遺址中刻有預言的石板，以及與「黑暗」和「金色瞳孔」相關的古物，並警告石板上預言了足以毀滅世界的兩股力量。
超古代耿鬼的覺醒
潛伏在側的火箭隊企圖盜取古代寶藏，武藏派出阿柏怪潛入地下挖掘，卻意外觸發了封印，釋放出體型巨大的「超古代耿鬼」。這隻耿鬼全身佈滿神祕條紋，擁有驚人的力量，能將人類、神奇寶貝甚至是物體吸入體內。火箭隊、希美以及調查團的大部分成員相繼被耿鬼吞噬。耿鬼隨後朝著真新鎮的方向前進，小智為了守護家鄉，派出大比鳥與皮卡丘試圖阻攔，但面對巨大的超古代力量，現代神奇寶貝的攻擊幾乎無效。
雙雄爭霸與毀滅預言
當耿鬼與另一件古代器皿感應後，喚醒了同樣巨大的「超古代胡地」。這正應驗了預言中「黑色的黑暗染紅天空，金色的瞳孔擾亂氣息」的情景。兩隻超古代神奇寶貝展開了驚天動地的激戰，它們的對決引發了時空扭曲的異界之門，威脅到整個世界的安危。即使是現代最先進的神奇寶貝球也無法收服這兩股超古代力量。就在眾人束手無策時，小智一行人想到了利用胖丁的歌聲來平息戰鬥。
巨大的和平使者
雖然普通的胖丁努力歌唱，但聲音無法傳達給巨大的對手。此時，遺址中的一座巨大鐘形古物產生共鳴，喚醒了「超古代胖丁」。這隻巨大的胖丁唱起了響徹雲霄的搖籃曲，歌聲終於讓陷入瘋狂戰鬥的耿鬼與胡地陷入沉睡。隨著戰鬥平息，耿鬼與胡地重新化為玉石回歸大地，被吞噬的人們也平安脫困。希美博士感嘆於超古代文明的不可思議，並決定針對這些結晶與神奇寶貝球的關聯展開進一步研究，而小智也帶著這次奇幻的經歷，繼續向神奇寶貝聯盟邁進。