進化的徵兆與不可思議的傳說
在前往紅蓮道館的旅途中，小智與一位登山男進行對戰。小智的妙蛙種子雖然在與鐵甲犀牛的激鬥中獲勝，但隨後身體卻發出異光且顯得虛弱不堪。小智急忙帶著牠前往寶可夢中心，喬伊小姐診斷後發現這並非生病，而是妙蛙種子即將進化的徵兆。喬伊小姐提到一個傳說：世界各地的妙蛙種子會定期聚集在一個被稱為「不可思議花園」的祕境，在巨大的妙蛙花帶領下舉行集體進化的祭典。
深入祕境與拒絕進化的意志
深夜，妙蛙種子獨自離開寶可夢中心，被同類帶往神祕花園。小智、小霞與小剛隨後跟蹤，穿過了會移動並阻擋外人的藤蔓樹林，終於見到了如幻境般盛開著鮮花的「不可思議花園」。在那裡，一隻巨大的妙蛙花現身並主持祭典，所有的妙蛙種子在花粉的洗禮下紛紛進化成妙蛙草。然而，小智的妙蛙種子卻憑藉強大的意志力強行壓制了進化的白光，堅持不肯進化。這一行為引起了妙蛙花與其他妙蛙草的不滿，現場氣氛一度陷入緊張。
守護同伴與覺醒最強招式
小智不顧危險挺身保護妙蛙種子，並向妙蛙花解釋他尊重妙蛙種子的個人意願，不應強迫其進化。就在此時，火箭隊駕駛著巨大的吸塵氣球出現，試圖趁祭典將所有的妙蛙草與妙蛙花一網打盡。由於妙蛙草們被困在網中，小智無法讓皮卡丘發動電擊。在危急時刻，妙蛙種子為了守護同伴，在沒有進化的狀態下強行領悟了草系最強招式「陽光烈焰」，成功擊穿並炸毀了火箭隊的氣球，將對方擊飛。
尊重與理解的結局
見證了妙蛙種子不依靠進化也擁有的強大實力與正義感，妙蛙花最終認可了牠的選擇。隨著天亮，如幻影般的不可思議花園也消失在森林之中。小智深感每隻寶可夢都有權利選擇自己的生存方式，他決定繼續與這隻堅持自我的妙蛙種子一起努力。在朝陽下，一行人帶著更加深厚的情誼，再度踏上旅程。