夢幻的稀有寶可夢：大蔥鴨
小智、小霞與小剛在旅行途中休息時，聊到了附近出現稀有寶可夢「大蔥鴨」的傳聞。根據寶可夢圖鑑的說明，大蔥鴨因為連同持有的植物一起吃非常美味，曾遭到過度捕獵，因此是數量極其稀少的珍貴寶可夢。就在小智和小剛去提水時，想搶先收服大蔥鴨的小霞獨自進入森林，果然遇到了大蔥鴨。小霞在追逐大蔥鴨的過程中，不小心撞上了一名同樣在奔跑的少年凱特，兩人的背包在混亂中意外調換了。
精心策劃的背包調包計
小霞回到同伴身邊後，驚覺背包裡裝的根本不是自己的東西，包含海星星、寶石海星、墨海馬與角金魚在內的所有寶可夢球全都失蹤了。原來這名少年凱特與大蔥鴨是詐騙搭檔，專門利用大蔥鴨引誘訓練家並趁機掉包背包。隨後，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵也遇到了凱特，凱特故技重施，假裝自己厭倦了培育寶可夢，打算將包含大蔥鴨在內的寶可夢送人。貪心的火箭隊中了圈套，不僅掉以輕心地幫凱特顧行李，還被引導上了一艘預先挖好洞的破船，最終不僅沒搶到大蔥鴨，連自己的寶可夢球（阿柏怪、雙彈瓦斯、大舌頭）也全被凱特趁亂偷走。
可達鴨的意外回歸與追蹤
小智一行人向君莎小姐報案，得知凱特已經利用這種手法犯下多起案件。就在眾人一籌莫展時，原本在被偷背包裡的可達鴨竟然自己走了回來。雖然可達鴨一臉呆滯、問非所答，但在眾人的引導下，可達鴨憑藉著記憶帶領大家尋找凱特的蹤跡。與此同時，憤怒的火箭隊也找到了凱特想報仇，凱特卻假裝示弱，將一整袋裝滿「雷電球」的包袱送給他們。不知情的火箭隊打開袋子後引發大爆炸，再次落荒而逃。
正面對決與悔改的契機
小智一行人終於攔截到正要逃跑的凱特。小智訓誡凱特應該正大光明地培育寶可夢並進行對戰，而非利用牠們行騙。雙方展開對戰，大蔥鴨展現出驚人的實力，利用「高速移動」與靈活的棍法擊敗了小智的妙蛙種子。接著小霞派出可達鴨，大蔥鴨對準可達鴨的頭部瘋狂敲打，卻意外觸發了可達鴨因劇烈頭痛而產生的強大超能力。可達鴨使出「定身法」封鎖大蔥鴨的行動，成功贏得勝利。
回歸正途的修行之旅
戰敗後的凱特看見大蔥鴨即使在劣勢中仍拼命戰鬥，終於意識到自己辜負了寶可夢的信任。他交還了所有偷來的寶可夢球與背包，並向眾人道歉。凱特決定不再走捷徑行騙，要與大蔥鴨一起踏上認真修行的旅程，成為真正的寶可夢訓練家。事件落幕後，小智一行人告別了凱特，繼續朝著下一個目的地前進，而倒楣的火箭隊則再次被殘留的雷電球炸飛，消失在天際。