皮卡丘的緊急狀況與普羅托醫生的救治
在旅途中，小智發現皮卡丘的樣子非常奇怪，似乎喉嚨被東西卡住了，呼吸變得十分困難。由於附近沒有寶可夢中心，小智一行人焦急地來到一家普通的人類醫院求助。醫院的主治醫生普羅托起初表示自己只看人類，但在小霞的懇求下，他還是決定破例為皮卡丘診斷。普羅托醫生利用除顫器為電力不足的皮卡丘充電，並專業地取出了卡在皮卡丘喉嚨裡的一顆大果實，成功讓皮卡丘恢復活力。
交通事故引發的集體醫療危機
就在此時，喬伊小姐發來緊急求援，告知有一輛運送寶可夢的卡車發生了嚴重的交通意外，大量受傷的寶可夢急需救治。由於寶可夢中心已無法容納更多病患，普羅托醫生的診所成為了臨時救護站。在醫護人員嚴重不足的情況下，普羅托醫生任命小智、小霞與小剛擔任臨時助手，就連因事故受傷而隨後趕到的火箭隊三人組，也為了治療自己的寶可夢（阿柏怪與雙彈瓦斯）而不得不參與協助。
混亂的診所與醫生的意外
診所內擠滿了受傷的可拉可拉、拉達、ビリリダマ等寶可夢。普羅托醫生秉持著「不論善惡，只要是患者就得救治」的職業道德，同時為火箭隊的寶可夢進行治療。但在處理一隻因為頸部纏繞而狂暴的嘟嘟利時，普羅托醫生不小心被麻醉針刺中，陷入了長達六小時的昏睡。面對仍未處理完畢的寶可夢病患，小智等人與診所的吉利蛋只好承擔起重任，小智更機智地利用妙蛙種子的藤鞭與傑尼龜的水槍來安撫與固定受傷的寶可夢，順利完成救治工作。
火箭隊的背叛與感人的報恩
當所有寶可夢的傷勢都穩定後，火箭隊卻原形畢露，企圖使用改造過的擔架偷走診所內所有的寶可夢。然而，當武藏命令阿柏怪與雙彈瓦斯發動攻擊時，兩隻寶可夢卻因為感念普羅托醫生與吉利蛋剛才的救命之恩，拒絕聽從命令。此時普羅托醫生醒來，展現出醫生的威嚴震懾住火箭隊，隨後火箭隊因雷電球的自爆而被拋向天際，再次以失敗告終。
夢想的抉擇與繼續冒險
事件平息後，普羅托醫生對小智等人在醫療方面的天賦給予高度評價，並邀請他們留在診所學習醫術。雖然小智一行人對醫護工作產生了敬意，但他們分別為了追求成為寶可夢大師、寶可夢培育家及水屬性寶可夢專家的夢想，婉拒了醫生的好意。最後，一行人告別了普羅托醫生與善良的吉利蛋，再次踏上充滿挑戰的旅程。