重返金黃道館
小智、小霞與小剛帶著從紫苑鎮結識的鬼斯通回到了金黃市，準備再次挑戰金黃道館館主娜姿。鬼斯通雖然個性調皮，甚至在路上用舌頭舔得小剛全身麻痺，但小智對它的幽靈系力量充滿信心，認為它是對抗超能力系寶可夢勇基拉的關鍵。然而，當小智向娜姿提出挑戰並準備開戰時，鬼斯通卻突然消失得無影無蹤，讓小智在賽場上尷尬不已。
逃離與娜姿的過去
由於鬼斯通不在，小智的其他寶可夢如皮卡丘、小火龍、傑尼龜和妙蛙種子都因為畏懼勇基拉而不敢上陣。小智無奈之下只好宣布棄權，娜姿憤怒地利用超能力將小霞與小剛變成了木偶，並困在特製的人偶屋中。幸好，之前曾指引小智前往紫苑鎮的神祕男子再次出現，利用瞬間移動將小智救出道館。神祕男子向小智揭露了娜姿的往事：她自幼沉迷於訓練超能力，導致心靈封閉，甚至將親生父母趕出家門，性格也分裂成冷酷的館主與渴望朋友的孤獨少女。小智雖然後知後覺，但終於意識到這名男子其實就是娜姿的父親。
笑聲帶來的勝利
為了救回變成木偶的夥伴，小智鼓起勇氣第三次踏入道館。雖然鬼斯通依舊不見蹤影，但皮卡丘為了不讓小智也被變成木偶，毅然挺身對抗勇基拉。儘管皮卡丘奮力使出十萬伏特，勇基拉卻能利用「自我再生」迅速恢復。就在危急時刻，鬼斯通突然出現在娜姿面前，開始表演誇張的表情與惡作劇。多年未曾笑過的娜姿被鬼斯通逗得開懷大笑，而由於娜姿與勇基拉在心靈上是相連的，勇基拉也跟著腹大笑不止，完全失去戰鬥能力。娜姿的父親判定皮卡丘獲勝，小智因此拿到了金黃徽章。
夥伴的歸隊與新的旅程
隨著娜姿重拾人類的情感與笑聲，小霞、小剛以及被變成木偶的娜姿母親都恢復了原狀，一家人終於破鏡重圓。鬼斯通決定留在道館陪伴娜姿，為她的生活帶來歡笑。小智一行人向娜姿道別後，帶著得來不易的金黃徽章繼續前行，目標是前往彩虹市挑戰下一枚徽章。而一直躲在道館樑柱上企圖捕捉皮卡丘的火箭隊三人組，最後則落得在廢墟中哀嚎的下場。