抵達乙女之崎與神祕少女的邂逅
小智、小霞與小剛一行人離開了藍普魯奇，搭船抵達了正值夏日祭典期間的港口城鎮「乙女之崎」。在熱鬧的氣氛中，小剛與羅凱特的小次郎分別在海邊與港口看見了一位氣質高貴的神秘美女，兩人皆被其美貌深深吸引。然而，一位神祕的老婆婆突然出現，警告小剛和小次郎要小心美女，否則會遭遇可怕的下場。隨後，眾人在當地的乙女神社參拜時，聽到了關於「少女岩」的淒美傳說：二千年前，一位少女為了等待出征的戀人歸來，最終化作了岩石，至今仍矗立在海邊守候。
被迷惑的小剛與小次郎
深受傳說感動的小剛與小次郎，夜晚不約而同地回到了少女岩前。傳說中的少女幽靈竟然真的現身，並將兩人誘入神祕的幻境中。隔日清晨，小智與武藏發現小剛和小次郎雙雙失蹤，最後在神社的祠堂發現了失魂落魄、神情呆滯的兩人。那位神祕的老婆婆再次現身，聲稱他們是被少女幽靈附身，並向小智等人兜售昂貴的「驅魔符咒」。雖然眾人在祠堂貼滿了符咒，但到了深夜，少女幽靈依然穿透防禦出現，試圖帶走小剛和小次郎。
鬼斯的真面目與幻影對決
當武藏試圖干涉時，少女幽靈顯露了真面目，原來這一切都是幽靈寶可夢「鬼斯」所化。鬼斯不僅具備說人話的能力，還擁有強大的幻覺力量。小智為了救回同伴，先後派出皮卡丘、小火龍、妙蛙種子與傑尼龜對戰，但鬼斯卻利用幻影變出各種「剋星」：用捕鼠器對付皮卡丘、用滅火器對付小火龍。甚至在面對妙蛙種子與傑尼龜時，鬼斯將兩者的進化形合體，召喚出巨大的「妙蛙箭龜」幻影，讓小智的寶可夢們嚇得潰不成軍。小霞試圖用對付吸血鬼的方式使用十字架與大蒜，也被鬼斯嘲笑弄錯了對象。
祭典結束與傳說的傳承
隨著清晨的鐘聲響起，身為幽靈寶可夢的鬼斯無法在日光下行動，隨即消失在曙光中。臨走前，鬼斯透露它其實是為了不讓這段傳說被世人遺忘，才每年在祭典期間化身為少女幽靈與老婆婆來提醒大眾。祭典在莊嚴的「送盆」放水燈儀式中進入尾聲，小剛與小次郎也恢復了正常。鬼斯在暗處與少女幽靈的靈魂告別，並承諾明年夏日會再回來。雖然夏日祭典結束了，但小智一行人帶著對這段淒美傳說的感懷，繼續踏上了前往金黃市的旅程。