豪華郵輪聖安奴號的邀請
在枯葉市獲得橘色徽章後，小智、小霞與小剛抵達了港口。此時，火箭隊的武藏和小次郎偽裝成女高中生，以贈送舞會門票為名，邀請小智一行人登上豪華郵輪「聖安奴號」。然而，這場派對其實是火箭隊老大坂木設下的陷阱，意圖將聚集在船上的優秀寶可夢訓練家的寶可夢全部奪走。
巴大蝶的交換與鯉魚王的騙局
在郵輪上，小智與一位紳士進行了精彩的模擬對戰。戰鬥結束後，紳士提出以自己的拉達交換小智的巴大蝶。在「交換能增進友誼」的說法影響下，小智答應了交換，但事後他回想起與巴大蝶相處的回憶，對此決定感到十分後悔。與此同時，小次郎被一名狡猾的商人所騙，花費重金買下了一隻號稱能產金蛋且具備高度繁衍價值的鯉魚王，引起武藏與喵喵的強烈不滿。
火箭隊的總攻擊與訓練家的反抗
火箭隊的成員在航行中發動突襲，利用特殊裝置企圖強行奪走所有訓練家的精靈球。在小智的號召下，所有訓練家團結起來，指挥各自的皮卡丘、妙蛙種子、小火龍、比比鳥與巴大蝶等寶可夢發動強大的群體攻擊，成功守住了自己的夥伴並將火箭隊打退。在混亂中，小智也終於找回那位紳士，並誠心地換回了自己心愛的巴大蝶。
海上巨變與沉船危機
戰鬥落幕後，聖安奴號卻不幸遇上強烈風暴，船長雖然聲稱船隻絕不會沈沒，但巨大的波浪仍導致船身嚴重進水並開始翻覆。在混亂的疏散過程中，小智一行人與火箭隊三人組因意外未能及時逃離，不幸隨著翻覆的聖安奴號一同沈入海底。眾人在船艙內失去意識，生死未卜，為接下來的故事埋下伏筆。