第七隻寶可夢與傳送系統
小智、小霞與小剛一行人在森林中迷路，爭論著小智獲得徽章的方式以及目前捕捉寶可夢的數量。小智為了證明自己的實力，在海邊發現並成功捕捉了一隻體型較小的「大鉗蟹」。然而，捕捉完成後裝有大鉗蟹的精靈球隨即消失。經由小剛與小霞的解釋，小智才得知一名訓練家最多只能隨身攜帶六隻寶可夢，第七隻之後捕捉到的寶可夢會自動傳送到大木博士研究所。為了確認大鉗蟹的安全，小智急於尋找電話聯絡博士，隨後他們在懸崖邊發現了一座宏偉的燈塔。
正輝的燈塔與大木博士的叮嚀
眾人抵達燈塔後，透過「喇叭芽」造型的電話撥給大木博士。博士證實已收到大鉗蟹，卻也藉機揶揄小智捕捉的大鉗蟹太小，並透露宿敵小茂已經捕捉了四十五隻寶可夢，且其捕捉的大鉗蟹體型遠大於小智的。大木博士告知這座燈塔的主人是天才寶可夢研究家「正輝」，希望小智等人能向他多加學習。隨後，眾人見到了一個巨大的「化石盔」，後來才發現那是正輝為了體驗古代寶可夢心情而穿上的模型裝，小智協助正輝按下開關才讓他脫困。
神祕的巨大寶可夢現身
正輝向眾人分享他的研究哲學，他認為雖然世界上已知有超過一百五十種寶可夢，但仍有許多未知的存在。他多年來一直守候在燈塔，是為了等待一隻全世界絕無僅有、不斷尋找同伴的巨大寶可夢。正輝模仿該寶可夢的歌聲向大海播放信號，並在霧氣瀰漫的夜晚得到了回應。當一個巨大的黑影伴隨著哀愁的歌聲緩緩靠近燈塔時，眾人都被這神聖的景象所震撼。
火箭隊的干擾與離去的遺憾
正當正輝與巨大寶可夢即將接觸時，埋伏在懸崖下的火箭隊為了搶奪珍貴寶可夢，不顧一切地發動飛彈攻擊。受驚且受傷的巨大寶可夢感到失望，緩緩退回大海的深處消失在迷霧中。雖然正輝對於錯失研究機會感到遺憾，但他也感悟到寶可夢與人類共同生存的意義。小智從中體會到寶可夢世界的深奧，並帶著全新的體悟，告別正輝前往下一個目的地，繼續他的冒險旅程。