迷霧中的寶可夢進修班
小智、小霞與小剛在前往枯葉市的途中，於濃霧瀰漫的森林中迷失了方向。當小智在森林中尋找柴火時，偶然發現一群學生正圍著一名叫小純的少年進行嚴苛的「特訓」。這群學生來自知名的「寶可夢進修班」，這是一所專為權貴子弟設立的寄宿制名門學校，學生只要畢業就能獲得參加寶可夢聯盟的資格，無需四處挑戰道館收集徽章。小純因為無法正確回答波波的進化等級，正遭受同學的冷嘲熱諷。
數據與實戰的碰撞
小智一行人跟隨小純來到學校，得知該校將學生分為初、中、高三個等級，並強調理論、等級與屬性相剋的數據分析。小霞對這種冷冰冰的教學方式感到不滿，向小純發起挑戰。儘管小純使用屬性佔優的口呆花，卻被小霞訓練有素的寶石海星擊敗。此時，初級班的首席優等生——優藤聖代現身，她不僅長相甜美，更對自己的理論知識充滿自信。她直言不諱地批評小智將皮卡丘放在球外的行為是不專業的，並嘲諷不進化的皮卡丘只能當作女孩子的寵物，這讓小智與皮卡丘感到非常憤怒。
課本外的勝負關鍵
為了證明理論的權威，聖代先是以屬性不利的隆隆石擊敗了小霞的寶石海星，展示了等級壓制的優勢。隨後，小智向聖代挑戰。聖代派出地面屬性的卡拉卡拉對抗皮卡丘，由於屬性完全免疫電擊，皮卡丘一度陷於苦戰，遭受卡拉卡拉的「骨棒」與「骨頭迴力鏢」重創。然而，小智鼓勵皮卡丘發揮實力，皮卡丘最終不依賴電力，而是採取抓撓、啃咬等教科書上從未記載的「原始戰法」，意外地讓卡拉卡拉大哭並失去戰意，小智成功取得了勝利。
全新的旅程開端
這場戰鬥讓聖代深刻意識到，寶可夢對戰中存在著教科書無法涵蓋的可能性與羈絆。此時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵現身企圖搗亂，卻被學校的學生們用大量的寶可夢球群起攻之，狼狽地被打飛。最後，小純決定離開進修班，回鄉從頭開始自己的冒險旅程；而聖代也放下了傲氣，承諾會以新的心態學習，並期待未來在寶可夢聯盟與小智再次切磋。小智一行人告別了學校，繼續朝著下一個目的地前進。